Терапевтический факультет был организован в  1964 году, который объединил кафедры терапевтического и педиатрического профилей.

В целях реализации задач, поставленных Государственной программой развития здравоохранения Республики Казахстан «Саламатты Қазақстан» на 2011 – 2015 годы, Концепцией развития медицинского и фармацевтического образования Республики Казахстан на 2011 – 2015 годы решением Ученого Совета АГИУВ в 2011 г. создан факультет общественного здравоохранения.

Деканат хирургических дисциплин объединяет 13-кафедр и 11-курсов по различным специальностям хирургического профиля. Хирургический факультет функционирует с 1964 года (Декан – к.м.н., доцент Аманов Т.И.).

Курс колопроктологии организован в 1997 году. Руководителем курса со дня основания и по настоящее время является проф. д.м.н Абдуллаев М.Ш.

Сотрудниками цикла колопроктологии осуществляется разработка рабочих учебных программ на основе стандартов дополнительного медицинского и фармацевтического образования, типовых учебных программ, по которым осуществляется повышение квалификации и переподготовка специалистов.