Деканат хирургических дисциплин объединяет 13-кафедр и 11-курсов по различным специальностям хирургического профиля. Хирургический факультет функционирует с 1964 года (Декан – к.м.н., доцент Аманов Т.И.).

Курс колопроктологии организован в 1997 году. Руководителем курса со дня основания и по настоящее время является проф. д.м.н Абдуллаев М.Ш.

Сотрудниками цикла колопроктологии осуществляется разработка рабочих учебных программ на основе стандартов дополнительного медицинского и фармацевтического образования, типовых учебных программ, по которым осуществляется повышение квалификации и переподготовка специалистов.

Кафедра Диагностической и оперативной эндоскопии организован впервые с 2008 года, до этого в 2007 году был курс эндоскопии и эндовидеохирургии в составе кафедры хирургии.Кафедра диагностической и оперативной эндоскопии находится на базе Центральной Городской клинической больницы и БСМП г.Алматы.

Курс судебной медицины был открыт в июле 2003году и базой был Центр судебной медицины МЗ РК.
Первым заведующим курсом был к.м.н. Туребаев Рысбек Орынбасарович.
Совместно с Институтом развития здравоохранения МЗ РК было проведено научное исследование в рамках НТП «Разработка научно-обоснованной программы организации судебно-медицинской экспертизы в Республике Казахстан» (2007–2008гг.)

Наименование курса: Челюстно-лицевая, пластическая и стоматохирургия
Клиническая база: ГКП ГКБ №5 на праве хозайственного ведения Управления Здравоохранения г. Алматы, инд. 050051,
Состав курса: зав. курсом Зайтенова Г.Б- д.м.н. профессор.,
завуч курса Инкарбеков Ж.Б- д.м.н. профессор.,
лаборант курса Кыдырбекова Г.З.

Заведующая курсом терапевтической стоматологии профессор Мергембаева Хадиша Сатмагамбетовна.
Ассистент курса терапевтической стоматологии Мергенбаева
Кафедра терапевтической стоматологии АГИУВ была открыта в 1977 году согласно приказа МЗ КазССР № 157 от 18.04.77 на базе городской студенческой поликлиники.
В данный момент курс терапевтической стоматологии находится на базе Стоматологического центра АГИУВ г.Алматы, с декабря 2009 года.

Кафедре сердечно-сосудистой хирургии исполнилось 10 лет. Инициатором организации цикла сосудистой хирургии при кафедре общей хирургии в 1991 году был профессор Султаналиев Т.А. В 2009 году данный цикл реорганизован как курс сердечно-сосудистой хирургии (зав. курсом д.м.н. Турсынбаев С.Е.). В 2011 г. по решению Ученого Совета АГИУВ курс был реорганизован в кафедру сердечно-сосудистой хирургии. Клинической базой кафедры является отделение сосудистой хирургии при ЦГКБ, которое было создано по инициативе профессора Апсатарова Э.А. в 1973 г. Профессор Апсатаров Э.А. вложил много усилий также и в подготовке научных кадров.

В Алматинском государственном институте усовершенствования врачей МЗ СССР было принято решение об открытии в 1980 году кафедры ортопедической стоматологии. Инициатором и организатором открытия был первый её руководитель, кандидат медицинских наук, доцент Темирбаев Максут Абуович. Непосредственное и активное участие принимали её первые сотрудники, кандидат медицинских наук, ассистент Мамеков Абирбек Досболганович, ассистент Исабаев Досмуханбет Керимкулович, врач-лаборант Касенова Балкен Макишевна, зубной техник Бухарметов Еркен Ахметович.

Курс детской хирургии организован в 1964 году,  первым заведующим  был назначен доцент Галина Иосифовна Раушанбах (1914-1968), а ассистентом – детский хирург Т.Т.Молдабаева.  С 1970 года доцентский курс заведовал кандидат медицинских наук, доцент Мырзабеков Т.М., ассистентом работала кандидат медицинских наук Чичасова О.Я.